Sant Climent Sescebes es troba situat a l’extrem nord-oriental de la península ibèrica, a la província de Girona, just al centre de la comarca de l’Alt Empordà, enmig d’una cruïlla de camins: a 12 km de Figueres, la capital de la comarca, a 22 km de Llançà, a 25 km de Roses i a 21 km de la frontera francesa.
Dista 59 quilòmetres de Girona, 170 quilòmetres de Barcelona, i 54 quilòmetres de Perpinyà, la capital del Roselló, ja a l’estat francès.
Les comunicacions de Sant Climent són excel·lents:
Per carretera és només a 6 quilòmetres de l’N-II la qual, paral·lelament a l’autopista configuren, l’eix viari Perpinyà-Figueres-Girona-Barcelona.
Equidista 18 quilòmetres de dues sortides de l’autopista AP-7: Figueres (sortida 4) i La Jonquera (sortida 2), dues vies que les comuniquen amb l’eix viari Perpinyà-Figueres-Girona-Barcelona.
- Des de Girona i Barcelona: Autopista A-7, sortida (4) a Figueres, i seguir per l’N-II en direcció França, fins passat Pont de Molins, des d’on, a mà dreta es troba l’encreuament cap a Sant Climent Sescebes. Abans d’arribar-hi es troba Vilarnadal i Masarac.
- Des de França: Autopista A-7 (sortida 2) a La Jonquera, i seguir per l’N-II en direcció Figueres fins al “Pont de Capmany” des d’on, a mà esquerra, es troba l’encreuament de la carretera que es dirigeix a Roses. Abans d’arribar-hi es troba Capmany.
Per ferrocarril, l’estació més propera és Figueres, ciutat en la que paren tots els trens de recorregut internacional, i també Vilafant que ja disposa de l’estació intermodal Vilafant-Figueres on circulen TGV.
Per aire, el seu aeroport de referència és el de Girona-Costa Brava, però no s’han d’oblidar l’aeroport internacional de Barcelona-El Prat, i també el de Perpinyà. Finalment, cal considerar la proximitat (24 quilòmetres) de l’aeròdrom d’Empuriabrava, que possibilita l’aterratge d’avionetes particulars.